SSH接続でサーバーのファイルを編集するAtomのプラグインNuclideを使って、ConoHaのVPSでLaravelを運用しています。
本日、いつものように接続しようとしたところ、「Authentication failed. Try entering your password」といったメッセージが表示されました。

SSHのパスフレーズなのかと思い入力してみたもののうまくいきません。
しょうがないので、以前Nuclideで登録した手順を見直してみました。
ConoHaにAtomのNuclideで接続しようとしてはまったこと その1
ssh-agentの確認と再登録
まずは
$ ssh-add -l
と入力してagentを確認します。

すると、以前登録したはずのagentが The agent has no identities.となり登録がされていない状態に戻っていました。
もう一度、秘密鍵を登録します。
$ ssh-add ~/.ssh/id_rsa
再登録し再びAdd Remote Project Folder

再登録し再びAdd Remote Project Folderをします。
すると、無事にNuclideからSSHでConoHaのVPSに接続することができました。
まとめ
なぜに繋がらなくなったのか不明ですが、とりあえずつながってよかったです。
迷ったら、もう一度はじめからですね。