AtomにNuclideをパッケージとしていれて使っていますが、なぜだかtree viewで.envのファイルが表示されなくなりました。
@suinさんの下記Qiitaを見つけましたが、Nuclideを使っているとtree-viewのパッケージは使うことができないようです。
Atomのツリーに表示されないフォルダやファイルがある? – Qiita
すると、まさにドンピシャで@ariiyuさんのQiitaを発見。
Atom w/ Nuclideで.gitignore対象のファイルをツリーに表示する – Qiita
かかれているとおり、
Setting -> Core -> Exlude VCS Ignored Paths
のチェックを外したところ、無事に表示されるようになりました。